Artículos en revistas especializadas
MDPI
An Upgrade on the Surveillance System of SARS-CoV-2: Deployment of New Methods for Genetic Inspection.
MICROBIOLOGY SOCIETY
Phylogenomics and population genomics of SARS-CoV-2 in Mexico during the pre-vaccination stage reveals variants of interest B.1.1.28.4 and B.1.1.222 or B.1.1.519 and the nucleocapsid mutation S194L associated with symptoms
SCIENCE DIRECT
Effect of HPV16 L1 virus-like particles on the aggregation of non-functionalized gold nanoparticles
FRONTIERS RT-qPCR
Assays for Rapid Detection of the N501Y, 69-70del, K417N, and E484K SARS-CoV-2 Mutations: A Screening Strategy to Identify Variants With Clinical Impact
MDPI
An Upgrade on the Surveillance System of SARS-CoV-2: Deployment of New Methods for Genetic Inspection.
Abstract
SARS-CoV-2 variants surveillance is a worldwide task that has been approached with techniques such as Next Generation Sequencing (NGS); however, this technology is not widely available in developing countries because of the lack of equipment and limited funding in science. An option is to deploy a RT-qPCR screening test which aids in the analysis of a higher number of samples, in a shorter time and at a lower cost. In this study, variants present in samples positive for SARS-CoV-2 were identified with a RT-qPCR mutation screening kit and were later confirmed by NGS. A sample with an abnormal result was found with the screening test, suggesting the simultaneous presence of two viral populations with different mutations. The DRAGEN Lineage analysis identified the Delta variant, but there was no information about the other three mutations previously detected. When the sequenced data was deeply analyzed, there were reads with differential mutation patterns, that could be identified and classified in terms of relative abundance, whereas only the dominant population was reported by DRAGEN software. Since most of the software developed to analyze SARS-CoV-2 sequences was aimed at obtaining the consensus sequence quickly, the information about viral populations within a sample is scarce. Here, we present a faster and deeper SARS-CoV-2 surveillance method, from RT-qPCR screening to NGS analysis.
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MICROBIOLOGY SOCIETY
Phylogenomics and population genomics of SARS-CoV-2 in Mexico during the pre-vaccination stage reveals variants of interest B.1.1.28.4 and B.1.1.222 or B.1.1.519 and the nucleocapsid mutation S194L associated with symptoms
Abstract
Comprender la evolución del virus SARS-CoV-2 en varias regiones del mundo durante la pandemia de Covid-19 es fundamental para ayudar a mitigar los efectos de esta devastadora enfermedad. Describimos los patrones filogenómicos y genéticos poblacionales del virus en México durante la etapa prevacunal, incluidos los portadores asintomáticos. Una prueba de PCR cuantitativa en tiempo real y reconstrucciones filogenómicas dirigidas al análisis de secuencia/estructura de la glicoproteína espiga reveló una mutación preocupante E484K en genomas del centro de México, además de la prevalencia nacional de la variante importada 20C/S:452R (B.1.427 /9). En general, las variantes detectadas en México muestran mutaciones de la proteína espiga en el dominio N-terminal (es decir, R190M), en el motivo de unión al receptor (es decir, T478K, E484K), dentro de los subdominios S1–S2 (es decir, P681R/H, T732A), y en la base de la proteína, V1176F, lo que plantea preocupaciones sobre la falta de datos fenotípicos y clínicos disponibles para las variantes de interés que postulamos: 20B/478K.V1 (B.1.1.222 o B.1.1.519) y 20B/ P.4 (B.1.1.28.4). Además, los patrones de población de variantes de un solo nucleótido de portadores sintomáticos y asintomáticos obtenidos con un esquema de automuestreo confirmaron la presencia de varias variantes fijas y diferencias en las frecuencias alélicas entre localidades. Identificamos la mutación N:S194L de la proteína de la nucleocápside asociada a pacientes sintomáticos. Filogenéticamente, esta mutación es frecuente en los subclados mexicanos.
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SCIENCE DIRECT
Effect of HPV16 L1 virus-like particles on the aggregation of non-functionalized gold nanoparticles
Abstract
Ensayos colorimétricos basados en nanopartículas de oro(PNB) son de considerable interés para el diagnóstico debido a su simplicidad y bajo costo. Sin embargo, una comprensión profunda de la interacción entre los GNP y el objetivo molecular deseado es fundamental para el desarrollo de tecnologías de detección confiables. El presente informe describe la interacción espontánea entre las partículas similares al virus HPV16 L1 (VLP) y las GNP no funcionalizadas (nfGNP) que dan como resultado la inhibición de la agregación inducida por sal de nfGNP y la estabilización de las VLP purificadas. Los experimentos de competencia iónica sugirieron que la naturaleza de la interacción nfGNPs-VLPs no es covalente. La adsorción de un aptámero de ARN en la superficie de nfGNP mostró un efecto inhibidor de agregación aditivo. El uso de VLP mutantes confirmó que la interacción nfGNPs-VLPs no está mediada por la superficie opuestacargas electrostáticas , lo que sugiere que las fuerzas no electrostáticas participan en la disposición de los nfGNP en la superficie de las VLP. Los experimentos de competencia que utilizaron concentraciones crecientes de etanol en complejos nfGNPs-VLPs sugirieron interacciones hidrofóbicas como la principal fuerza estabilizadora. Por lo tanto, la interacción nfGNPs-VLPs descrita aquí debería facilitar el desarrollo de ensayos de adsorción basados en nfGNPs para la detección de VPH y la prevención del cáncer de cuello uterino.
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FRONTIERS RT-qPCR
Assays for Rapid Detection of the N501Y, 69-70del, K417N, and E484K SARS-CoV-2 Mutations: A Screening Strategy to Identify Variants With Clinical Impact.
Abstract
Background: Several variants of the SARS-CoV-2 have been documented globally during the current COVID-19 pandemic. The N501Y, 69-70del, K417N, and E484K SARS-CoV-2 mutations have been documented among the most relevant due to their potential pathogenic biological effects. This study aimed to design, validate, and propose a fast real-time RT-qPCR assay to detect SARS-CoV-2 mutations with possible clinical and epidemiological relevance in the Mexican population.
Methods: Targeting spike (S) gene mutations of SARS-CoV-2 (N501Y, 69-70del, K417N, and E484K), specific primers, and probes for three specific quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) assays were designed, and validated using Sanger sequencing. These assays were applied in clinical samples of 1060 COVID-19 patients from Jalisco Mexico.
Results: In silico analyzes showed high specificity of the three assays. Amplicons of samples were confirmed through sequencing. The screening of samples of COVID-19 patients allowed the identification of the E484K mutation in nine individuals and the identification of P.2 Brazilian variant in Mexico.
Conclusion: This work provides low-cost RT-qPCR assays for rapid screening and molecular surveillance of mutations with potential clinical impact. This strategy allowed the detection of E484K mutation and P.2 variant for the first time in samples from the Mexican population.